Tra i primi insediamenti voluti da San Francesco, l’Eremo delle Celle di Cortona, alle falde del Monte Sant’Egidio, ha un posto speciale. Il poverello d’Assisi ottenne il luogo dove ritirarsi a pregare e meditare nel 1211 dal nobile cortonese Guido Vagnottelli, uno dei primi compagni del santo umbro. Nella nuda roccia erano infatti già presenti delle piccole grotte, probabilmente antichi ripari per i pastori.
Il sito divenne un romitorio, dove San Francesco tornò nel 1215 per trascorrere la Pasqua, dopo aver vissuto il periodo quaresimale nell’Isola Maggiore del Trasimeno. L’ultima volta in cui il santo si fermò nell’eremo fu nel 1226, l’anno della morte, di ritorno verso Assisi ma ormai molto ammalato. Secondo la tradizione qui stilò il suo testamento spirituale.
Nel 1235 Elia da Cortona, uno dei primi seguaci di San Francesco e in seguito Ministro generale dell’Ordine dei Minori, fece realizzare un oratorio e nuove cellette dei frati delle stesse dimensioni di quella utilizzata dal santo, trasformando il sito in uno dei primi santuari francescani dopo la morte del fondatore dell’ordine. Qui Elia trascorse gli ultimi anni di vita.
Dopo circa un secolo di vita, il romitorio venne abbandonato dai francescani e passò alla neonata Diocesi di Cortona. Nel 1537 furono chiamati a farlo rivivere i cappuccini, ordine francescano nato da pochi anni. Con loro vennero realizzati la nuova chiesa e il corridoio del noviziato con venti celle utilizzate per cinque secoli. Fino al 1988, infatti, Le Celle era il luogo principale per formare i nuovi cappuccini. L’ultimo grande restauro ci fu nel 1969.
Oggi l’Eremo delle Celle, inserito nella Via di Francesco, è una “casa di preghiera” frequentata da chi è alla ricerca di pace interiore. Un posto pieno di misticismo e spiritualità a breve distanza da Cortona, a cavallo di una valle stretta che segue il corso del Fosso dei Cappuccini, dove si ammirano suggestive architetture che assecondano l’orografia del luogo e l’aspro terreno roccioso.
Tra i luoghi più visitati ci sono il bosco di lecci che ci circonda il romitorio, le celle dove vissero San Francesco e Frate Elia, l’Oratorio di San Franceschino a fianco dell’ingresso, la Cappella della Ss. Trinità e la Chiesa di Sant’Antonio da Padova con tele del Seicento toscano.
Le varie parti dell’eremo sono collegate da tre ponti. Il Ponte Barberini di fine Cinquecento prende il nome dal novizio Antonio Barberini, fratello di Papa Urbano VII. Il Ponte del Granduca fu voluto nel 1728 da Gian Gastone de’ Medici. Il Ponte di Ferro risale al 1897.